Il Proteoma. Tecniche elettroforetiche. Elettroforesi bidimensionale. Tecniche cromatografiche “multidimensionali”. Spettrometria di massa delle proteine. Identificazione di proteine. Metodi per il sequenziamento polipeptidico. Metodi per l’analisi proteomica differenziale. Modificazioni covalenti delle proteine e loro analisi. Proteomica differenziale e funzionale. Analisi in vitro e in vivo dei complessi proteici.
Libri di testo:
Biochimica e biologia molecolare. Principi e tecniche. di K. Wilson and J. Walker. Raffaello Cortina editore
Reviews e articoli scientifici sui principali argomenti
Obiettivi Formativi
Conoscenze:
Preparazione campioni, estrazione, purificazione. Tecniche elettroforetiche, cromatografiche e spettrometria di massa. Principi e applicazioni di proteomica differenziale e funzionale.
Competenze acquisite
Il corso è indirizzato a far acquisire allo studente le capacità di scegliere l’adeguata metodica per l'analisi proteomica di un campione e per l'dentificazione di proteine. Viene affrontata anche la valutazione critica dei risultati ottenuti. Valutazione dell’importanza e dei limiti degli studi proteomici.
Capacità acquisite al termine del corso:
Gli studenti avranno la capacità di predisporre esperimenti mediante approccio proteomico.
Prerequisiti
Corsi vincolanti: Biochimica. Corsi di laboratorio.
Corsi raccomandati: Biochimica Cellulare, Biologia Molecolare, Analisi dei Processi Biologici con Approccio Bioinformatico.
Metodi Didattici
Attività in aula: 44
Attività di laboratorio (lezioni in laboratorio): 12
Le lezioni verranno inserite su Moodle.unifi accessibile tramite password che sarà comunicata agli studenti
Altre Informazioni
Frequenza delle lezioni ed esercitazioni:
frequenza fortemente consigliata
Strumenti a supporto della didattica
La strumentazione in dotazione presso la sezione di Biochimica del Dipartimento di Scienze Biomediche Sperimentali e Cliniche, verrà usata per effettuare lezioni dimostrative ed esercitazioni pratiche.
Orario di ricevimento: tutti i giorni previo appuntamento
Modalità di verifica apprendimento
colloquio orale riguardante gli argomenti affrontati e esposizione di un argomento a scelta dello studente
Programma del corso
Il Proteoma. Strategie per lo studio proteomico. Preparazione del campione. Elettroforesi bidimensionale. Rivelazione delle proteine su gel. Tecniche di western-blotting. Analisi delle immagini. Tecniche cromatografiche (HPLC). Spettrometria di massa applicata all’analisi di proteine: metodi di ionizzazione e analizzatori. Digestione in-gel e finger print. Identificazione di proteine. Metodi per il sequenziamento polipeptidico. Accoppiamento LC-MS. LC-MS/MS. Analisi quantitativa delle proteine. Metodi per l’analisi proteomica differenziale (DIGE; ICAT, iTraq..). SILAC. Modificazioni covalenti delle proteine e loro analisi. Proteomica differenziale e funzionale. Protein arrays. Analisi in vitro e in vivo dei complessi proteici. Identificazione e caratterizzazione dei siti di interazione.